El Plan de Innovación de la escuela es el producto de muchos años de conversaciones reflexivas en torno a la idea de iniciar una escuela secundaria bilingüe en Boston. Dos miembros del Comité de Innovación de la escuela, Meg Campbell y Diana Lam, fueron padres de estudiantes de la escuela Rafael Hernández hace varios años. Meg, quien presidió el consejo de padres de la escuela, recuerda las frecuentes conversaciones que mantenía con otras familias sobre la necesidad de que los egresados de Hernández siguieran su trayectoria profesional. Muchos años después, después de establecer y administrar otras escuelas públicas, Meg y Diana volvieron a la idea de crear una escuela secundaria bilingüe en el distrito de Boston cuando se anunció el proceso de innovación. Ambos educadores se pusieron en contacto con Margarita Muñiz, la directora de la principal escuela bilingüe K-8 de Boston, con la idea de establecer una escuela secundaria alineada. Muñiz evaluó el interés del profesorado, la familia y la comunidad, que le pareció sólido y, en consecuencia, se unió al grupo de planificación. En otoño de 2010, el grupo formó el Comité de Innovación de la Academia Margarita Muñiz y guió el proceso de desarrollo y planificación mediante la votación de aprobación del Comité de Escuelas Públicas de Boston en noviembre de 2011.
La Academia Margarita Muñiz se funda sobre la base de sólidas asociaciones entre educadores, así como del apoyo de fundaciones locales interesadas en apoyar una visión de educación basada en la innovación, las artes y las oportunidades de preparación para la universidad para nuestros jóvenes de secundaria. Nuestra junta directiva es una fuente importante de conocimiento y experiencia sobre el terreno en las áreas del aprendizaje en dos idiomas, las artes y la innovación. Nuestra junta directiva guía nuestra visión, misión y planificación estratégica.